פגיעה בתשתיות
מינים פולשים שונים פוגעים בתשתיות כמו רשת קווי החשמל, סותמים צנרת להובלת מים, חוסמים שדה ראיה בדרכים ופוגעים במבנים ובתי מגורים.
פגיעה במים
מיני צמחים פולשים פוגעים באופן משמעותי באספקת המים, בגלל תכונותיהם השונות מהצומח המקומי - שורשיהם עמוקים יותר ושיעור האידוי שלהם גבוה יותר. יקינטון המים לדוגמא, גרם לאבדן של 10% מהמים הזמינים לאדם באזור בו פלש בנהר הנילוס.
פגיעה בחקלאות
מינים פולשים מהווים מזיקים חקלאיים, עשבים רעים וגורמי מחלות הפוגעים בגידולי שדה, מטעים, בקר, מדגה ועוד. לדוגמא: יקינטון המים מפחית את יבול הדגה באגם ויקטוריה באפריקה, ודבורים פולשות מסכנות את תפקודן של דבורי הבר כמספקות שירות האבקה לחקלאות. דוגמאות אלה ממחישות את הסכנה לביטחון אספקת המזון. חמור מכך - גילוי של מינים פולשים בסחורה חקלאית המיוצאת מישראל עלול לגרום לאיסור ייצוא תוצרת חקלאית למדינות בעלות חוקי פיקוח מתקדמים, כגון מדינות אירופה. עלות הנזקים השנתית לחקלאות ארה"ב הנגרמת בגלל מינים פולשים מוערכת ביותר מ– 60 מיליארד דולר לשנה. החקלאות בישראל נפגעת אף היא קשות ממינים פולשים. מיני אמברוסיה מתפשטים בשדות חקלאיים בשרון, כנפון זהוב מתפשט בשדות מערב הנגב, חדקונית הדקל האדומה פוגעת בגידולי תמרים, המאינה המצויה פוגעת בכרמים ועוד. גם שלל הדיג בים התיכון נפגע בגלל הפלישה הביולוגית, וחלק מההתמעטות הדרמטית בשלל הדגים המסחריים נובע מהמינים פולשים.
סכנה לבריאות הציבור
צמחים ובעלי חיים פולשים משמשים נשאים (וקטורים) להפצת מחלות לאדם. לדוגמה: יקינטון המים מעודד את נוכחותו של חילזון המפיץ בילהרציה, באגם ויקטוריה ואלף–עלה מימי תורם להתבססותם של יתושים מפיצי מלריה. קיימים מינים פולשים הפוגעים ישירות בציבור - לנמלת האש הקטנה שפלשה לישראל עקיצה כואבת שעלולה אף לגרום לתגובה אלרגית חריפה.
נזקים לתיירות
התפשטות מינים פולשים של צומח באזורי חוף גורמת לכיסוי השטח החולי ואבדן הנוף האטרקטיבי לתיירים עד כדי סגירתו לתיירים ונופשים. פעולות הדברה של מוקדי פלישה גורמת לסגירתם של פארקים בפני מבקרים. מינים פולשים עוקצים ומטרידים כגון יתוש הטיגריס האסיאתי ונמלת האש הקטנה עלולים לפגוע בתיירות ברמה האזורית והארצית. מוערך כי אם תפלוש נמלת האש האדומה (Solenopsis invicta) לאי הוואי, היא תגרום לאבדן של כ– 130 מיליון דולר בהכנסות מפעילות נופש בחיק הטבע.
פגיעה במגוון הביולוגי
מינים פולשים מהווים את גורם השינוי השני בעוצמתו להרס המגוון הביולוגי, מעצם היותם מתחרים, טורפים או טפילים של המינים המקומיים ובהעדר גורמי הבקרה הטבעיים על גודל האוכלוסיה של המין הפולש, שנשארו בארץ המוצא שלו. חמור מכך, לעיתים המין הפולש משנה כליל את סביבתו הפיזית, ובכך גורם לדחיקה של המינים המקומיים. כך במקרה של פלישת צמחים מייצבי חולות בישראל (כמו טיונית החולות ושיטה כחלחלה) הדוחקים את המינים המקומיים, חובבי החולות.